Při spuštění Tomcatu pomocí service tomcat9 start jsem dostával následující chybu:
WARNING: Unable to load server configuration from [/opt/tomcat9/conf/server.xml] java.io.FileNotFoundException: /opt/tomcat9/conf/server.xml (Permission denied) ... SEVERE: Cannot start server, server instance is not configured
Ani spuštění jako root, nebo změna chmod na souboru server.xml nepomohla. Nakonec stačilo přejít do složky se spouštěcími skripty .../tomcat9/bin a spustit startup.sh.